
Holokaustu (nuo graikiškų žodžių hólos „visas“ + kaustós „išdegintas“) ar kaip žydai vadina Šoa (nuo hebrajiško HaShoah „katastrofa“) apibūdinamas masinis žydų žudymas, įvykdytas Antrojo pasaulinio karo metais nacionalsocialistų okupuotose Europos vietose. Nacionalsocialistų pagalbininkais buvo su jais bendradarbiavę skirtingų kraštų vietos gyventojai. Su naciais bendradarbiavo lietuviai, o tarp šių būta ir marijampoliečių. Bendradarbiavimas su okupacine nacionalsocialistų valdžia ir pagalba jai išžudant Lietuvos miestų ir miestelių žydų bendruomenes yra skaudžiausi ir opiausi Lietuvos istorijos įvykiai. Holokaustas Lietuvoje vertinamas kaip didžiausia naujųjų laikų istorijos katastrofa. Lietuvoje, savo gyvenamosios vietos aplinkoje buvo nužudyta apie 96 procentai Lietuvos žydų. Marijampolėje proporcijos panašios, išgyventi pavyko tik tiems, kurie judant frontui suskubo pasitraukti į Sovietinės Rusijos gilumą ar buvo išgelbėti kaimynų lietuvių. Marijampolėje gana plačiai žinomas atvejis apie tarpukariu garsioje Jadvygos ir Alfonso Babarskių šeimoje išgelbėtą Kauno gete gimusią devynių mėnesių mergaitę Rūtą, Leibos Basso dukrą.

Marijampolės karinis miestelis – miesto erdvėje išsiskiriančios kareivinės – buvo statytos pagal Imperinės Rusijos standartus XIX a. antrojoje pusėje. Būtent kareivinių dalyje, kurią miesto gyventojai dar tiksliau apibūdina kaip arklides, buvo suvaryti ir įkalinti beveik visi Marijampolės miesto žydai.

Šioje kareivinių teritorijoje 1941 m. rugsėjo 1 d. buvo sušaudyta apie 5090 žmonių – vyrų, moterų ir vaikų. Egzekucija vyko nuo 10 val. iki 16 val. Šūvius ir riksmus girdėjo vietos gyventojai, ne daugiau nei penkiolikai nacionalsocialistų talkino dvigubai didesnis lietuvių skaičius. Dalis žydų bandė priešintis ir bėgti, bandant bėgti iš žudynių vietos buvo nukauta apie tris dešimtis žydų. Šiauriniame karinio miestelio pakraštyje, Šešupės pakrantėje, nužudyti žmonės buvo ir palaidoti. Marijampolėje, Šešupės slėnyje netoli Varpo gatvės, buvo nužudyti ne tik Marijampolės, bet ir nedaug nutolusių Balbieriškio, Kalvarijos ir Liudvinavo žydai. Dar dvejose žudynių vietose – kapuose aplink Marijampolę – buvo nužudyti Marijampolės apskrities žydai. Šias vietas žymi paminkliniai akmenys: Šunskų seniūnijos Rudžių kaimo Rudžių giraitėje ir Šunskų giraitėje. Kasmet rugsėjo 23 d., minint Žydų genocido dieną, Marijampolėje yra prisimenamos ir pagerbiamos Holokausto aukos, priesakas, kad niekada tai nepasikartotų, marijampoliečiams tampa svarbus.